Алтайский заповедник расположен в юго-восточной части Республики Алтай на границе с Республиками Тува и Хакасия. В меридианальном направлении заповедник простирается более чем на 200 км, в широтном в среднем на 40 км и занимает площадь 881,238 га.
Территория заповедника представляет собой типичную горную страну с перепадами высот от 434 м (уровень Телецкого озера) до 3504 м над уровнем моря. Ланшафты – горная тайга, альпийские луга, высокогорные тундры и степные участки. Все реки несут свои воды в Телецкое озеро. Самая крупная – река Чулышман. В заповедник включена почти половина площади Телецкого озера – одного из крупнейших водоёмов Южной Сибири: его длина – 77,8 км, максимальная ширина – 5,2 км, максимальная глубина – 325 м, объём – 40 куб. км. Прозрачность воды достигает 15,5 м. Второе по величине озеро в заповеднике – Джулукуль, длиной 10 км, расположено в истоке реки Чулышман на высоте 2200 м над уровнем моря.
Климат в заповеднике континентальный, причём континентальность нарастает к югу. Ещё резче меняется климат по вертикали. За несколько часов можно подняться от тёплого берега Телецкого озера до тундровых карликовых деревьев и даже снежников, пройдя при этом через несколько климатических поясов. В целом климат в заповеднике варьирует от сурового резко-континентального в высокогорье до мягкого с морскими чертами в прибрежной части Телецкого озера. Максимум осадков выпадает на севере заповедника ( в Яйлю – 800 мм).
По видовому разнообразию сосудистых растений Алтайский заповедник не имеет себе равных в России. Здесь встречаются около 1450 видов, относящихся к 105 семействам. Из них 24 редких – виды, включенные в Красные Книги СССР и РФ, напр.: лук Алтайский, башмачок крупноцветковый, кандык сибирский, ковыль перистый и др.
В АГПЗ обитает 67 видов млекопитающих. Многие из них обычны – марал, кабарга, соболь, медведь, белка, длиннохвостый суслик и другие. Некоторые чрезвычайно редки, среди них ирбис и аргали. Разнообразно население птиц, их отмечено 323 вида. Среди редких – балобан, алтайский улар, журавль-красавка, чёрный гриф, орлан-белохвост, скопа, беркут и другие. Амфибии и рептилии представлены 8 видами. В водоёмах заповедника живут 15 видов рыб, в том числе два вида (сиг Телецкий и сиг Правдина) встречаются только в Телецком озере и в верхнем течении реки Бия. Видовой список беспозвоночных превышает 5000.
Научный профиль заповедника: комплексное изучение природы и динамики природных процессов в горно-таёжных, степных, высокогорных и водных экосистемах Алтая.
Алтайский заповедник неповторим по красоте: своеобразные ландшафты, десятиметровые каменные «грибы» - останцы, каскады водопадов, которых в заповеднике около полутора сотен, и жемчужина Алтая – Телецкое озеро.
